El templo tiene una historia compleja que comenzó sobre 1468 con una pequeña estructura de una sola nave, ampliada posteriormente con tres arcos de yeso y una ventana gótica. Con el crecimiento demográfico del siglo XVI, se proyectó una iglesia basilical.

En 1521, Francesco Florentino inició la proyección de una monumental iglesia de planta basilical. Su gran aportación física al templo es la Capilla Mayor, presidida por su icónico y elegante Arco de Casetones, esculpido bajo los cánones renacimiento italiano.

El templo debía ser mucho más grande, pero el Real Consejo de Órdenes, ordenó paralizar la construcción de forma abrupta. Por este motivo, le falta un tercio de su estructura original, dejando la zona del coro visiblemente inconclusa desde su fachada exterior.

La imponente torre no pertenece a la época renacentista, se construyó entre 1930 y 1932 debido a que la antigua torre se derrumbó a finales del siglo XIX.

Tras sufrir deterioros y cerrar en 1996, el templo fue restaurado a partir de 1998, eliminando añadidos posteriores, reformando la fachada norte y baptisterio, destacando un panel en el presbiterio que imita el retablo antiguo.

En esta parroquia, según la tradición y documento bautismal, se obró el milagro del Santísimo Cristo de Rayo, que desde entonces se celebra en Moratalla, con sus fiestas de mayor transcendencia, junto a la Semana Santa moratallera.